凌雲寺は大内義興を開基とし、了庵桂悟を開山として、1507（永正4）年ごろこの地に創建されたと伝えられています。義興の菩提寺とされ、大内氏の滅亡とともに衰退したと考えられています。寺のあった台地の南端には、惣門跡と伝わる全長約62.7m、高さ約2.6mの長大な石垣が残っています。寺は、山口北西部の響灘、大内氏が朝鮮半島との貿易に使用した特牛港に通じる肥中街道のそばにあり、その位置・地形から見て、有事に備えた城塞を兼ねたものと思われます。発掘調査では、惣門跡の中央入口周辺から多くの瓦が見つかっており、そこから寺の中心に向かう階段遺構や、さらに北側からは土器や陶磁器、瓦などが数多く出土しており、瓦葺の門や建物があったと考えられています。大内氏の家紋「大内菱」と思われる模様が入った瓦も見つかっています。

昭和34年に、館跡、築山跡、高嶺城跡とともに国指定史跡に指定されています。指定区域内には凌雲寺開山塔、大内義興及びその夫人の墓と称する石塔三基が残っています。